Sul retro del lettore, dove ci sono i connettori per i dati e l'alimentazione, ci sono dei pin, di solito 6 su due file da 3. C'è anche un ponticello, detto jumper, che cortocircuita due di questi ponticelli e può essere spostato in più posizioni, una per scegliere "master", una per "slave" e una per "cable select".
Per capirci:
Se, come immagino, il vecchio lettore è impostato come master, quello nuovo deve essere impostato come slave.
Se l'impostazione è corretta il problema potrebbe dipendere da un'altra cosa: all'avvio, proprio nelle primissime schermate (dove vengono mostrate le informazioni riguardanti il processore, la memoria, ecc...) viene mostrata qualche informazione riguardo i lettori CD/DVD e gli hard disk? Compare anche quello nuovo? Altrimenti dovresti accedere al BIOS della scheda madre e controllare che il riconoscimento della seconda periferica su quel canale sia abilitato.
Ciao