Ok, la sincronizzazione con VLC è momentanea quindi ti serve un'altro programma, anch'esso no install:
VirtualDubMod. Scarica questa versione dato che non hai chiarito la natura del flusso audio.
Il procedimento è semplice:
Carichi il filmato quindi dal menù stream -> stream list clicchi col destro sulla traccia audio e selezioni la voce interleaving.
In Audio Skew Correction imposti il valore del RITARDO AUDIO in millisecondi, valore positivo per ritardare, valore negativo per anticipare l'audio.
Trovato il sincronismo nel menù video seleziona Direct Stream Copy per non ricomprimere quindi salva il nuovo file (File -> save as...)