Visto che da Win rompe le scatole, potresti provare ad avviare chkdsk dal prompt dei comandi caricabile dal dvd d'installazione di Windows.
Avvia il pc dal dvd, seleziona la lingua d'installazione, quindi seleziona Ripara il Computer. Da lì potrai aprire il prompt e avviare chkdsk (eventualmente con il parametro /r anzichè /f).
PS: Causio
(peccato fosse alla Juve
)