Si tratta di due standard differenti, MBR è quello più anziano e permette l'esistenza di sole 4 partizioni primarie (non dischi logici tramite partizione estesa, attenzione), con una dimensione massima di 2 TeraBytes.
GPT ( GUID Partition Table) permette la creazione di un numero teoricamente illimitato di partizioni, ciascuna di grandezza immensa (nell'ordine del Zettabyte, un bilione di TB), anche se Windows limita la dimensione a 256TB per ciascuna partizione (massimo 128), e salvo l'utilizzo di Vista o Server2003 con piattaforma EFI non è possibile utilizzare il disco per il boot, ma solo per lo storage dei dati.
Prevede anche la creazione di un "MBR di protezione", in modo che il disco sia identificabile dai tool come fdisk che non supportano questa particolare modalità.
QUI trovate molte informazioni in merito.
Il mio consiglio è di utilizzare la struttura MBR se necessitate della massima compatibilità e versatilità.