sul boot.ini che hai postato sembrerebbe che tu abbia 2 hd sullo STESSO canale ide: rdisk(0) e poi (1) suggeriscono questo.
se hai i due hd su 2 canali diversi prova invece a scrivere
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\ *primo sistema op*
multi(0)disk(1)rdisk(0)partition(1)\*secondo sis*
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