Stai usando Windows 7, questa invece è la sezione relativa a Linux, ti consiglio di postare nella sezione di Windows 7 o in quella sui programmi.
Giusto per non lasciarti senza alcuna risposta, Thunderbird non fa cose del genere. È chiaramente un problema dovuto ad altro.
Da dove hai scaricato il Thunderbird che stai adoperando? Dal sito ufficiale di Mozilla o da qualche altra parte? L'unico posto da cui scaricare Mozilla Thunderbird in sicurezza è questo:
https://www.mozilla.org/it/thunderbird/
Con tree size o programma analogo
http://www.jam-software.com/treesize_free/
puoi scoprire che fine ha fatto lo spazio perso, cioè quali file sono stati creati e forse anche da chi, ed eventualmente recuperarlo con la loro cancellazione.