Penso di aver risolto il problema. Era proprio come pensavo, il problema non sta in Windows Installer ma bensė nella sua configurazione nel registro di sistema. Nella chiave "WoW64" in HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\MSIServer era settato il valore 1.
Valore che costringe il sistema a ritornare un errore nel caso si stia elaborando un pacchetto 64bit.
Settando il valore a 0 il problema viene risolto ( infatti l'installer ATi mi permette di disinstallare i driver, speriamo anche di reinstallare quelli nuovi

, altrimenti son dolori ).
Ti faccio sapere.