Sembrerebbe che quei file a cui ti riferisci servano per ottenere dei DNG più compatibili con alcuni software come dice la nota che li accompagna:
Compatible with software with bad DNG support (RawShooter2006, ACDSee, ...). "Add metadata from jpeg" option must be turned off.
Però a quanto pare usandoli non si può abilitare l'aggiunta dei metadati EXIF al DNG (forse perché causano dei problemi coi citati programmi, peccato perché è la cosa più utile che possa giustificare la conversione a DNG).
Riguardo a come si usano credo che devi copiare quello per la tua fotocamera nella cartella del DNG4PowerShot, comunque se non usi i programmi sopra citati o non hai problemi, direi che è meglio evitare di usarli.
Per Vathek, se devi fare la tesi fai pure con calma i tuoi esperimenti sapremo pazientare..