Segnalo un altra cosa che ho notato, provando alcune schede PCI proprio oggi.
Ho disabilitato il controller SATA onboard per usare un controller dedicato della high-point a 4 porte a cui sono affezionato da tempo :P
Boot normale, videata di config, imposto i 4 array dei dischi, entro in Win normalmente.
Visto che mi avanzavano 2 vecchi 80gb ATA133 maxtor, ho provato a mettere un secondo controller pci, stavolta della Promise, un TX2/4.
( i 4 ide onboard erano gia' occupati )
Sorpresina.. I 2 controller non si sopportano

Viene visto random, prima l'uno poi l'altro. Tolto il Promise e messo 2 adattatori IDE->SATA sull'high-point, tutto e' tornato a posto.
Ho provato x curiositā a spostare i 2 controller su slot PCI diversi, ma il problema rimaneva. Credo che possa dipendere dal chipset ATI.
Con nforce3 mi era capitata una cosa simile ( su DFI e MSI ).
Con nforce4 il problema nn mi era capitato ( Asus ).
Consiglio quindi di usare i controller onboard.. E se proprio si vuole usare un controller dedicato, di non esagerare con le config "strane"